La Historia de Los Vilos empieza a escribirse a partir de
1536 con la llegada de la naos española San Pedro conducida por Ruy Díaz, quien traía abastecimiento a la expedición del Adelantado
Diego de Almagro. Al recalar en la zona, se encontró con un español fugado de las huestes de Pizarro, Anton Cerrada, quien vino con
Gonzalo Calvo de Barrientos hacia 1533. La zona estaba por entonces habitada por indígenas provenientes de la región de Aconcagua, quienes radicaban en la salida del río Conchalí. Los Vilos nació como una caleta de pescadores hacia el siglo 18 y más tarde se convirtió en un poblado de gente de mar permanente. En 1865, para la Guerra con España, fue habilitado como Puerto Menor, por el entonces Presidente José Joaquín Pérez. Es en esta misma década que los grandes capitales que trabajaban en el Puerto, compran en Inglaterra, un vapor de carga que recorrerá las costas, transportando mercancías,por espacio de cuarenta años. Su nombre, el "Paquete de Los Vilos". Hasta Los Vilos llegó el monitor peruano
Huáscar en 1879 en sus correrías al mando de don
Miguel Grau. El Historiador local Joel Avilez Leiva, en su obra "El Intenso Flujo Migratorio desde el Choapa hacia el Norte Salitrero.